元禄元年（１６８８）、五島藩主の祈願社として建立され、元治元年（１８６４）に再建されました。　歴代の五島藩主は、江戸参勤交代の際この神社に参詣して海上安穏の祈願を行いました。
参勤交代の航路は、福江島発～奈留島～岩瀬浦～平島経由～本土上陸のコースをとっており、当時の岩瀬浦は五島海上交通の要衝でした。
神社には、五島藩主の願文が数通残されています。
志自岐羽黒神社は新上五島町太田郷にもありますが、太田の志自岐羽黒神社は、平戸の志々伎神社の分祀とされています。

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