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当時、日本に来る中国人の中にはキリスト教徒がいたため、長崎奉行は唐人の宗教についても厳重に調査をしていましたが、在留唐人等は自ら進んでその証明を行い、かつ、海上の安全祈願と故人の冥福を祈るため寺を建てようということになりました。
第2代住職の黙子如定は眼鏡橋を架設したことで有名であり、第3代の逸然は長崎漢画の祖として有名です。
また、逸然は当時中国でも高僧の評判が高かった隠元を招くことに成功し、全国から多くの僧がここへ教えを受けに来ました。
境内には国指定重要文化財の唐人屋敷住宅門や県指定有形文化財の三江会所の門（江南・浙江・江西）、日本三聖堂の一つといわれた長崎聖堂の大成殿と杏檀門（大学門）があります。