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出島は来舶ポルトガル人を隔離収容するために海中を埋築し、寛永13年(1636)完成した。その翌年島原の乱が起こり、同年16年(1639)幕府はポルトガル人を渡航禁止にした。
これにより出島は空家となった。そこで寛永18年(1641)平戸のオランダ商館をここに移した。以来，安政の開国まで約 220年間、出島は阿蘭陀屋敷と呼ばれた。
出島のオランダ商館では、この地を通じて日本とヨーロッパを結ぶ経済・文化の交流が行なわれ、日本の近代化に果たした功績は大きい。